[Problème] SEF marche sur un menu mais pas sur l'autre

[benoua]

Voilà je développe actuellement un site sous Joomla 3.0 (que je découvre donc je suis un gros novice!). Je souhaite avoir des URL propres.
J'ai donc activé les options dans les paramètres de joomla de cette façon :

J'ai renommé le htaccess.txt en .htaccess et dégagé celui d'OVH.
J'ai supprimé le dièse au début de la ligne Rewrite base

Je créé un premier menu tout fonctionne à merveille, les liens marches et sont propres.
J'ai voulu créer un menu dans le footer et mes Url sont de ce type :

http://www.monsite.com/en/component/content/article.html?id=5

et quand je ne suis plus sur la home mais dans une page sur laquelle l'URL est réécrite (exemple ici FAQ), l'URL dans mon menu devient ça :

http://www.monsite.com/en/faq.html?id=5

J'ai tenté une reconstruction du menu mais rien.
Voilà j'ai surement merdé quelque part, mais je ne vois pas où donc si quelqu'un a une idée à me proposer je suis super preneur.