En réalité je n'ai jamais rencontré de tels problèmes sur trois sites multilingues (dont un tout récent cela dit) mais ils ont été multilingues dès le début.
Comme RobertG le disait, il se peut que l'indexation ait été mal interprétée après le passage en multi. Il faudrait créer de nouveaux sitemaps, les fournir aux moteurs après avoir supprimé les anciens, éventuellement faire des redirections des mauvaises url vers les bonnes et j'imagine que les moteurs feront le reste.
S'il y a eu un sitemap proposé précédemment, il faut le supprimer !
Et il est conseillé d'utiliser une extension canonical fonctionnant apparemment mieux que l'option de Joomla! Tu peux télécharger Canonical de Styleware gratuitement après la création d'un compte si je me rappelle bien.
Heuuuu, comment ça dans l'index.php du template ??? Une URL en dur ? elle apparaît alors tout le temps identiquement quelle que soit la page ? Quelle est l'url de ce site ?
Une extension ajoutera automatiquement une url canonique à chacune des pages de ton site.
Le problème sus-cité est contournable. Aussi il ne concerne que les sites utilisant un template de type Helix.
Un lien vers le site permettra de se faire une idée.
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